Co wykrywa test SANCO? Informacje o diagnostyce prenatalnej

Co wykrywa test SANCO?

Analiza cffDNA z krwi matki pozwala wykryć aneuploidie we wszystkich 23 parach chromosomów. Test rozpoznaje najczęstsze trisomie — między innymi:

• zespół Downa (trisomia 21),
• zespół Edwardsa (trisomia 18),
• zespół Pataua (trisomia 13).

Test ocenia również monosomię X, czyli zespół Turnera, oraz zaburzenia chromosomów płciowych, takie jak:

• zespół Klinefeltera (XXY),
• potrójne X (XXX),
• zespół Jacobsa (XYY).

W wariancie całogenomowym, nazwanym SANCO PLUS, zakres badań jest szerszy — test wykrywa ponad 430 zdefiniowanych zespołów delecyjnych i duplikacyjnych. Dzięki temu możliwe jest zidentyfikowanie mikrodelecji i mikroduplikacji o rozmiarze od około 7 Mb oraz innych zmian autosomalnych. Przykładowo, test potrafi rozpoznać takie jednostki kliniczne, jak:

• zespół DiGeorge’a,
• zespół Wolfa–Hirschhorna,
• zespół Pradera–Williego,
• zespół Angelmana,
• 1p36,
• zespół kociego krzyku.

Dodatkowo analiza dostarcza informacji o płci płodu i jego oznaczeniu RhD. SANCO umożliwia też ocenę ryzyka mozaikowości oraz wykrywanie większych zmian strukturalnych w genomie płodu. Do tego wykorzystuje się sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) oraz zaawansowane metody bioinformatyczne. Cały proces opiera się na wolnym DNA płodowym (cffDNA) pozyskanym z próbki krwi matki w ramach nieinwazyjnego badania prenatalnego (NIPT). Należy jednak pamiętać, że to badanie przesiewowe — wynik dodatni wymaga potwierdzenia testem inwazyjnym, na przykład amniopunkcją i dalszą analizą kariotypu lub mikromacierzą.

Czy SANCO wykrywa aneuploidie we wszystkich 23 parach?

Analiza polega na przypisaniu odczytów NGS do poszczególnych chromosomów i porównaniu ich udziału z wartościami referencyjnymi, co pozwala wykryć odchylenia liczby kopii, np. trisomie i monosomie w 23 parach chromosomów. W standardowym panelu SANCO wyróżniane są najważniejsze trisomie:

• 21,
• 18,
• 13,
• zaburzenia chromosomów płciowych.

W wersji całogenomowej test ocenia ryzyko trisomii i monosomii dla wszystkich autosomów i pary płciowej, a dodatkowo wykrywa większe zmiany strukturalne z progiem detekcji około 7 Mb. Test umożliwia też oszacowanie ryzyka disomii jednorodzicielskiej. Jednak wykrywalność ma swoje ograniczenia: niska frakcja cffDNA, często bliska około 4%, obniża czułość badania. Mozaikowość łożyskowa oraz warianty genetyczne u matki mogą powodować rozbieżności między wynikiem NIPT a rzeczywistym kariotypem płodu. SANCO wykorzystuje zaawansowane metody bioinformatyczne i statystyczne do identyfikacji aneuploidii, obejmując m.in. monosomię X oraz inne zaburzenia płciowe, takie jak:

• zespół Turnera,
• Klinefeltera,
• XXX,
• XYY.

Dzięki temu interpretacja wyników jest bardziej precyzyjna, choć pewne przypadki nadal wymagają potwierdzenia diagnostyką inwazyjną.

Jakie zespoły delecyjne i duplikacyjne wykrywa SANCO?

W wersji całogenomowej SANCO PLUS można wykryć ponad 430 zespołów delecyjnych i duplikacyjnych obejmujących autosomy oraz istotne regiony genomu. Próg detekcji wynosi około 7 milionów par zasad (7 Mb), dlatego mniejsze zmiany mogą pozostać niewykryte.

Wśród przykładów znajdują się m.in.:

• zespół DiGeorge’a (delecja 22q11.2),
• zespół Wolfa–Hirschhorna (delecja 4p),
• zaburzenia związane z regionem 15q11.2–q13 (Pradera–Williego/Angelmana),
• zespół 1p36,
• zespół kociego krzyku (delecja 5p).

Raport z badania podaje rodzaj zmiany — delecję lub duplikację — oraz jej wielkość w Mb. Skuteczność wykrywania zależy od kilku czynników:

• progu detekcji,
• frakcji cffDNA we krwi matki,
• zastosowanych parametrów bioinformatycznych.

Test opiera się na sekwencjonowaniu NGS cfDNA z próbki krwi matki i zaawansowanej analizie bioinformatycznej. W przypadku podejrzenia nieprawidłowości zalecana jest konsultacja z genetykiem. Dla potwierdzenia wyniku rekomenduje się diagnostykę inwazyjną, np. amniopunkcję z badaniem kariotypu lub analizą molekularną (mikromacierz/array CGH).

Kiedy wykonać test SANCO i jaką próbkę pobrać?

Badanie wykonuje się między 10. a 24. tygodniem ciąży; materiał płodowy (cffDNA) zazwyczaj jest wykrywalny od 10. tygodnia, a rzetelna analiza wymaga, by frakcja płodowa wynosiła co najmniej około 4%. Test zaleca się przy:

• nieprawidłowych wynikach USG,
• nawracających poronieniach,
• znanych zaburzeniach genetycznych w rodzinie,
• po zapłodnieniu in vitro.

W takich przypadkach pomocna bywa konsultacja genetyczna, która ułatwia podejmowanie decyzji diagnostycznych. Do badania pobiera się krew matki (zwykle około 10 ml krwi żylnej) do probówki stabilizującej cfDNA; zabieg wykonuje się w laboratorium lub punkcie pobrań i nie ma konieczności bycia na czczo. Analiza opiera się na sekwencjonowaniu nowej generacji (NGS) oraz zaawansowanym przetwarzaniu bioinformatycznym, a test posiada certyfikat CE-IVD. W ciążach mnogich NIPT jest technicznie dostępny, ale interpretacja wyników bywa trudniejsza i powinna być omówiona z lekarzem prowadzącym.

Jeśli frakcja cffDNA jest zbyt niska, wynik może być nieokreślony — wtedy można powtórzyć pobranie po 1–2 tygodniach lub rozważyć diagnostykę inwazyjną (amniopunkcję czy biopsję kosmówki). Czas oczekiwania na wynik zwykle wynosi od kilku dni do 1–2 tygodni; wykonywanie wersji całogenomowej (SANCO PLUS) może wydłużyć ten okres, zależnie od laboratorium. NIPT jest ceniony jako nieinwazyjne badanie przesiewowe w prenatalnej opiece, jednak wyniki wskazujące na wysokie ryzyko wymagają potwierdzenia testami inwazyjnymi.

Jaka jest czułość i specyficzność testu SANCO?

Test SANCO wykazuje wyjątkowo wysoką czułość w wykrywaniu najczęstszej trisomii 21 — przekracza 99%. Równie imponująca jest jego specyficzność, również powyżej 99%, a w badaniach laboratoryjnych odsetek prawidłowych wyników sięga ponad 99%. Dla trisomii 18 i 13 czułość pozostaje na wysokim poziomie, zbliżonym do tej dla T21, choć nieco niższa.

W wersji SANCO PLUS wykrywalność delecji i duplikacji zależy od rozmiaru zmiany — próg detekcji wynosi około 7 Mb, a czułość spada dla zmian zbliżonych do tej granicy. Najważniejszym czynnikiem wpływającym na czułość i specyficzność jest frakcja płodowa (cffDNA w stosunku do całkowitego cfDNA); wartości poniżej ~4% utrudniają wykrywanie zmian.

Istotne znaczenie mają też:

• ciąża mnoga,
• jakość próbki,
• głębokość sekwencjonowania w NGS,
• ustawienia i metody analizy bioinformatycznej.

Do przyczyn wyników fałszywie dodatnich należą:

• mozaikowość łożyska,
• warianty genetyczne matki,
• tzw. „vanishing twin”.

Z kolei fałszywie ujemne wyniki mogą wystąpić przy:

• niskiej frakcji cffDNA,
• mozaikowatości płodu,
• gdy zmiany są mniejsze niż próg detekcji.

W porównaniu z klasycznymi testami biochemicznymi SANCO daje mniejszy odsetek wyników fałszywie dodatnich. Badanie opiera się na sekwencjonowaniu nowej generacji (NGS) oraz zaawansowanej analizie bioinformatycznej, a test posiada certyfikat CE‑IVD. Wynik wskazujący na wysokie ryzyko powinien być potwierdzony badaniem diagnostycznym inwazyjnym, np. amniopunkcją z analizą kariotypu lub mikromacierzą.

Czy SANCO ocenia ryzyko mozaikowości płodu?

Analiza całogenomowa cfDNA porównuje udział odczytów z poszczególnych chromosomów, co pozwala algorytmom wytypować zwiększone ryzyko mozaikowości. Skuteczność tej metody zależy w dużej mierze od frakcji cffDNA — gdy wynosi ona około 4% lub mniej, czułość znacząco spada. Wynik sugerujący mozaikowość odnosi się do wykrytej aneuploidii i zawiera ocenę stopnia niepewności oraz zalecenia dotyczące dalszego postępowania.

NIPT opiera się na cffDNA pochodzącym głównie z trofoblastu, dlatego czasem sygnały mogą odzwierciedlać mozaikowość ograniczoną do łożyska, a niekoniecznie zmianę w tkankach płodu. Analiza bioinformatyczna potrafi odróżnić wyraźne sygnały od szumu, niemniej niskopoziomowa mozaikowość bywa trudna do wykrycia. Interpretację mogą dodatkowo utrudniać:

• niska frakcja płodowa,
• zmiany genetyczne u matki,
• zjawisko „vanishing twin”.

Raport SANCO informuje o zwiększonym ryzyku mozaikowości przy wykrytej nieprawidłowości i rekomenduje konsultację genetyczną. W przypadku wyników sugerujących mozaikowość zaleca się potwierdzenie inwazyjne — preferowana jest amniopunkcja z badaniem kariotypu i/lub mikromacierzą, ponieważ najlepiej ocenia tkanki płodu. Biopsja kosmówki może wykazać mozaikowość łożyskową, ale nie daje pewnej informacji o stanie płodu. Dalsza diagnostyka zwykle obejmuje:

• konsultację genetyczną,
• ukierunkowane badania molekularne (FISH, array CGH),
• kontrolne USG.

SANCO dostarcza praktycznych wskazówek, jednak ostateczne rozstrzygnięcie wymaga badań inwazyjnych i klinicznej interpretacji wyników.

Czy wynik SANCO wymaga badania inwazyjnego?

Wynik testu SANCO wskazujący na wysokie ryzyko wymaga potwierdzenia inwazyjnymi badaniami, takimi jak:

• amniopunkcja,
• biopsja kosmówki.

Konieczne jest też przeprowadzenie analizy kariotypu i/lub mikromacierzy (array CGH, jeśli wskazane). Natomiast wynik niskiego ryzyka rzadko skutkuje przejściem do procedur inwazyjnych — dalsze postępowanie warto omówić z prowadzącym lekarzem i w razie potrzeby z konsultantem genetycznym. SANCO jest testem przesiewowym opartym na cffDNA, więc sygnały wysokiego ryzyka nie zawsze odzwierciedlają rzeczywiste zmiany u płodu. Fałszywie dodatnie wyniki mogą być spowodowane:

• mozaikowością łożyskową,
• wariantami genetycznymi matki,
• zjawiskiem „vanishing twin”,
• zmianami nowotworowymi u kobiety ciężarnej.

Wartość predykcyjna dodatnia zależy też od wcześniejszego (populacyjnego) ryzyka, dlatego przed podjęciem decyzji klinicznych niezbędne jest potwierdzenie inwazyjne. Amniopunkcja pozwala pobrać materiał płodowy do badań takich jak:

• kariotyp,
• FISH,
• array CGH

i zwykle daje pewny rezultat. Ryzyko poronienia związane z zabiegiem wynosi około 0,1–0,3%. Biopsja kosmówki umożliwia szybsze uzyskanie próbki łożyska i przyspiesza diagnostykę molekularną, jednak związane z nią ryzyko powikłań szacuje się na około 0,2–0,5%. Trzeba pamiętać, że wyniki z biopsji mogą odzwierciedlać mozaikowość łożyskową, a niekoniecznie zmiany obecne we wszystkich tkankach płodu. Potwierdzenie diagnostyczne metodami inwazyjnymi pozostaje złotym standardem w diagnostyce prenatalnej przed wdrożeniem jakiejkolwiek interwencji medycznej lub podejmowaniem decyzji klinicznych. Nawet rozszerzona wersja testu, SANCO PLUS, która wykrywa szerszy zakres delecji i duplikacji, wymaga potwierdzenia inwazyjnego przy istotnych nieprawidłowościach. Konsultacja genetyczna pomaga zrozumieć wynik badania, oszacować ryzyko oraz przedyskutować opcje potwierdzenia i wpływ badań inwazyjnych na bezpieczeństwo płodu.